Николай (Варфоломеев) воспитанник Архангельской духовной семинарии. Служил священником в Шенкурском уезде, затем в Заостровском и Вознесенском приходах Архангельского уезда (1884-1901), был настоятелем Кладбищенской церкви в Архангельске. Затем, возведенного в сан протоирея, его направили в Антониево-Сийский монастырь, а через два года отозвали быть настоятелем Соломбальского Преображенского Собора в Архангельске. После выведения за штат в 1905 году указом Святейшего Синода отца Николая назначили на должность настоятеля Антониево-Сийского монастыря и по пострижении в монашество возвели в сан архимандрита 2 июля 1906 года.

Интересны характеристики о. Николая в должности настоятеля Антониево-Сийской обители: "Заботился о введении в жизнь монастыря молитвенного настроения и аскетического духа. Усердно заботился о благосостоянии монастырских храмов. Не терпел среди монашествующих и послушников нетрезвости, табакокурения и праздности…".

Архимандрит Николай устроил скит и новый храм на месте, куда удалялся преподобный Антоний для молитвенных подвигов; кроме того устроил новую двухэтажную гостиницу для богомольцев вместо ветхой, одноэтажной.

Особой признательности  заслуживает участие архимандрита в сохранении и передаче Архангельскому Епархиальному древлехранилищу имевшихся при Сийском монастыре рукописных документов и книг  XV-XVII вв. (так называемая Сийская библиотека). Архимандрит Николай имел давнюю и тесную связь с заведующим древлехранилища Иустином Михайловичем Сибирцевым. Представляя историческую и культурную ценность Сийской библиотеки в одном из писем, он писал Сибирцеву о совместной задаче "явить миру Сийское сокровище». Это выражение взято в качестве девиза в проекте по воссозданию Сийской библиотеки в электронной записи источников из фондов их нынешнего хранения в Москве, С.-Петербурге, Архангельске и других городах.

Архимандрит был причастен к издательской деятельности, так как составил библиографический указатель публикаций в местных периодических изданиях того времени. («Указатель статей, напечатанных в «Архангельских губернских ведомостях», касающихся Архангельской епархии. Приложение к «Архангельским епархиальным ведомостям» за 1889 год.) Скончался архимандрит Николай 14 сентября 1912 года. Погребен в Антониево-Сийском монастыре.