Со второй половины столетия начинается упадок монастырской жизни.

1701 год: По описи в монастырской библиотеке числилось 387 единиц рукописных книг и 364 печатных.

1721 год, 18 июля: Кончина первого архимандрита Сийского монастыря Никодима.

1722 год, 16 января: Настоятелем Сийского монастыря стал архимандрит Герман (бывший казначей Сийского монастыря), посвященный в сан архимандрита преосвященным Варнавою.

1727 год, декабрь: Настоятелем Сийского монастыря стал архимандрит Порфирий (Колчицкий). Переведен из Николо-Корельского монастыря.

1728 год, ноябрь: Освящение церкви во имя животворящего Креста в 8 верстах от монастыря, в том месте, где преподобный Антоний поставил крест.

1730 год, январь: Кончина архимандрита Порфирия.

1731 год, 25 июля: Освящение деревянной церкви во имя Святителя и Чудотворца Николая при каменной больнице монастыря.

1742 год, 27 января: Настоятелем Сийского монастыря был назначен Леонтий (Яковлев), посвященный в сан архимандрита преосвященным Варсонофием.

1749 год: Леонтий переведен настоятелем в Архангельский монастырь, настоятелем Сийского монастыря стал архимандрит Серафим.

1753 год, 18 ноября: Архимандрит Серафим скончался, настоятелем Сийского монастыря был назначен вновь архимандрит Леонтий, переведенный из Архангельского монастыря.

1760 год: Сгорел приписанный к Сийскому монастырю Емецкий Покровский женский монастырь, монахини были переведены в Холмогорский монастырь, а Покровский монастырь уже более не восстанавливался.

1761 год, 19 октября: Скончался архимандрит Леонтий, будучи на череде служения в Александро-Невской лавре. Похоронен в Санкт-Петербурге, на кладбище лавры.

1762 год, 2 февраля: Настоятелем Сийского монастыря стал Гавриил (Огинский), посвященный в сан архимандрита архиепископом С.-Петербургским Вениамином. Архимандрит Гавриил был также назначен ректором архангельской семинарии, помещавшейся тогда в Спасском Козьеручьевском монастыре близ Холмогор.

1764 год: По указу императрицы Екатерины II о секуляризации церковных земель Сийский монастырь лишился всех своих имений в пользу казны. По штату монастырь был причислен ко II классу и зачислен в классе 36-м; на содержание ему было определено из казны 1.000 рублей. С этого времени для монастыря начинается время оскудения внешней, а отчасти и внутренней жизни. Лишившись главной части своих прежних доходов, он не может уже содержать прежнего количества иноков, число которых уменьшилось почти на 2/3.

1770 год: Отремонтирована и освящена деревянная церковь во имя Николая Чудотворца при монастырской больнице, устроена и освящена кладбищенская деревянная церковь во имя Успения Божьей Матери за Михайловским озером на Красном мысу.

1776 год: Произведен ремонт Троицкой церкви Сийского монастыря.

1779 год, 27 января: Архимандрит Гавриил скончался и был погребен преосвященным Вениамином епископом Архангельским и Холмогорским в монастыре.

1779 год, 30 мая: Настоятелем Сийского монастыря стал Парфений (Петров), посвященный в сан архимандрита в Петропавловском соборе С.-Петербурга архиепископом С.-Петербурга Гавриилом. Архимандрит Парфений также был назначен ректором Архангельской духовной семинарии.

1779 год: Вокруг монастыря была устроена рубленная из бревен ограда.
Пожар двухэтажного каменного братского корпуса монастыря. После пожара он стал одноэтажным.

1790 год: Архимандрит Парфений был переведен в Александро-Свирский монастырь, архимандритом Сийского монастыря и ректором архангельской духовной семинарии стал Аполлос (Терешкевич).

1793 год, 28 июня: В Архангельске произошел большой пожар, сгорело и деревянное подворье Сийского монастыря, в котором находилась лучшая настоятельская ризница.

1798 год: Строительство в городе Архангельске каменного подворья монастыря.

1798 год: При настоятеле Сийского монастыря Архимандрите Аполлосе Терешковиче в городе Архангельске построен монастырский каменный двухэтажный дом на месте сгоревшего при пожаре в 1793 году деревянного подворья. При монастырском подворье имелись деревянные конюшни с каретниками, баня, погреб и колодец.