1520 год, лето: на мысу Большого Михайлова озера преподобный Антоний с шестью своими учениками: Александром, Иоакимом, Исаей, Елисеем, Александром, Ионой, водрузили деревянный крест, поставили келью. Вскоре был построен первый деревянный храм в честь Живоначальной Троицы.

1525 год: царь Василий Иоаннович даровал обители жалованную грамоту и прислал на помин своей души «церковной утвари и риз довольно».

1541 год: Преподобный Антоний подал Великому князю Ивану Васильевичу челобитную о пожаловании на монастырское строение моржегорской слободки с соляным колодцем; братии по его словам в это время было 60 человек.

1544 год: царь Иван Васильевич даровал обители вотчину размером по три версты от монастыря к Емце, Сие, Ваймуге и четыре версты к Каргополю. Земли эти князем были освобождены от налогов и пошлин в пользу княжеской казны взамен государевой хлебной милостыни. Тогда же монастырю была пожертвована деревня около Лисестрова на Исаковой горе.

1545 год: монастырь получил судебные и финансовые льготы; тогда же упоминаются его дворы в Холмогорах, Уне, Неноксе.

1546 год: Великий князь Иван Васильевич грамотой от 15 февраля 1546 года даровал монастырю соляной ключ в Лисестрове и освободил монастырь от платежа пошлин за данный промысел на пять лет.

1556 год: по указу государя Ивана Васильевича к монастырю были отписаны соляные варницы в Уне и Неноксе и варницы в Моржегорском усолье.

1556 год, 7 (20) декабря: праведная кончина преподобного Антония Сийского. День его памяти.

1557 год: игуменом монастыря стал священноинок Геласий, которого Антоний перед кончиной благословил вместо себя на игуменство.

1577 год: игуменство принял отец Питирим, бывший ранее строителем Комельской св. Николая обители.

1579 год: при царе Иоанне Васильевиче Грозном на церковном соборе по благословению митрополита московского Антония было установлено общерусское почитание (канонизация) Антония Сийского. Сын государя Ивана Грозного, царевич Иоанн Иоаннович, составил службу преподобному Антонию и написал вновь его Житие по житию, составленному прежде иноком Сийского монастыря Ионою.

1583 год: многочисленные царские пожертвования монастырю вещами и деньгами.

1584 год: царь Федор Иоаннович в память об отце своем пожертвовал монастырю денег и подарил колокол благовестник весом в 170 пудов, а также подтвердил особой грамотой те льготы, которыми пользовался монастырь при его отце Иване Васильевиче.

1586-1587 годы: игумен Питирим заболел и был вынужден оставить игуменство, игуменом монастыря стал Гермоген. При нем князем Василием Звенигородским была составлена опись Сийского монастыря. По писцовым книгам князя Звенигородского к Троицкому Сийскому монастырю значится приписанным Емецкий женский монастырь.

1588-1589 годы.: игуменом монастыря был Никандр. При нем было принято решение о постройке каменной церкви в обители.

1589-1606 годы: Возведение каменного пятикупольного соборного храма во имя Святой Живоначальной Троицы, одного из самых больших каменных сооружений в то время в Двинском крае. Исцеление больного игумена Питирима.

1593 год, 15 июля: пожар в обители, монастырь выгорел почти до основания. Были уничтожены огнем церкви, образа, книги, монастырское украшение, жалованные грамоты. Игумен Питирим с братией начинают заново отстраивать монастырь.

1595 год: Государь Федор Иоаннович утвердил заново все уничтоженные огнем жалованные грамоты и снял пошлины всякого рода со всех монастырских угодий.

1595 год, 19 сентября: грамота Государя Федора Иоанновича о праве монастыря участвовать в судопроизводстве в отношении монастырских крестьян.

1597 год, 20 февраля: грамота Государя Федора Иоанновича о невозможности суда над игуменом с братией Сийского монастыря, слугами и крестьянами монастырскими в иных приказах, кроме приказа Большого Дворца.

1597 год, 6 марта: после смерти Питирима игуменом Сийского монастыря был избран иеродиакон Иона, управлявший монастырем 37 лет.