Леонтий (Яковлев) произведен в архимандриты Сийского монастыря 27 января 1742 года. В 1749 году был переведен в Архангельский монастырь. После смерти архимандрита Серафима вновь стал настоятелем Антониево-Сийского монастыря. При нем в 1760 году сгорел приписанный к Сийскому монастырю Емецкий Покровский женский монастырь вместе со всем Емецким острогом. После чего монахини были переведены в Холмогорский монастырь, а сгоревший Покровский более уже не возобновлялся. Скончался Леонтий в Санкт-Петербурге, где и был погребен в Александро-Невском монастыре.