С начала 2000 года Божественная Литургия совершается ежедневно (кроме дней, когда не положено по Уставу). С середины 2000 года по воскресным и праздничным дням по окончании Литургии совершается чин о Панагии.
Первые две Литургии 8 и 11 сентября совершены в древнем Троицком соборе монастыря.
С осени 2000 года часы и Литургия совершается каждую субботу или воскресение также и на монастырском подворье в селе Емецк. С 4 ноября 2003 года один–два раза в месяц совершается Литургия в домовом храме в честь священномученика Власия на монастырском хозяйственном подворье в деревне Ваймуга–Осередок.
На подворье в поселке Брин-Наволок служатся Полунощница, Малое повечерие, молебны и панихиды.

В будние дни богослужения совершаются по следующему распорядку: с 16.45 — 9-й час, Вечерня, Малое повечерие с тремя канонами, молитвы на сон грядущий.
По окончании вечернего богослужения братия крестным ходом обходит вокруг монастырских храмов с преднесением фонаря (со свечой) и иконы Божией Матери, которую несет старший священник.
Утром в 5.30 (летом в Троицком соборе, зимой — в Благовещенской церкви или в храме–колокольне Трех Святителей Московских) — братский молебен преподобному Антонию Сийскому, утренние молитвы, Полунощница. В зимнее время по окончании Полунощницы братия строем направляется в Троицкий собор и прикладывается к святым мощам прп. Антония (в летнее время к мощам прикладываются сразу после молебна). Около 7.00 — с двупсалмия начинается Утреня, затем примерно с 9.00 — часы 1-й, 3-й, 6-й и далее — Божественная Литургия.

В воскресные дни и дни великих праздников братский молебен не совершается. В эти дни с 9 часов утра совершаются часы и Божественная Литургия. Накануне — Всенощное бдение, которое начинается в 18.00 и заканчивается около или после 22.00. 

Таинство Крещения совершается в воскресенье в 13.00. Обязательным условием для принятия Крещения в Антониево-Сийском монастыре является знакомство с основами православного вероисповедания во время Огласительных бесед. Участие крестных родителей является обязательным. С 1августа 2013 года в Свято-Троицком Антониево-Сийском монастыре подготовка к Таинству Крещения будет проходить в следующем порядке: суббота, 11.00 - первая подготовительная беседа; воскресенье, 09.00 - посещение богослужения, по окончании богослужения вторая подготовительная беседа; следующий воскресный день, 09.00 - посещение богослужения, по окончании которого совершается Таинство Крещения.  Записаться и задать вопросы можно по телефону иконной лавки: +7 911 877 63 73.

Клиросное послушание несут имеющие певческие способности послушники и трудники общим числом до 6 человек. С ними проводятся (к сожалению, не столь часто) занятия по церковному пению, постановке голоса и спевки.

С лета 1994 года в Троицком соборе у находящихся под спудом святых мощей преподобного основателя обители Антония Сийского по благословению настоятеля стараниями послушников и трудников ежедневно читается акафист Преподобному. С наступлением холодов ежедневное чтение акафиста совершалось перед иконой преподобного Антония в Сергиевском надвратном храме (1993-1994 гг.), а ныне — в Благовещенской церкви или в храме-колокольне Трех Святителей.

Поскольку на десятки верст вокруг действующие храмы отсутствуют, а приходы только зарождаются, в обители, ее подворьях и в окормляемых селах по благословению священноначалия совершается Таинство Святого Крещения и катехизация желающих последовать за Христом. На Емецком подворье с конца 2001 года совершается по необходимости (достаточно редко) Таинство Венчания.
С начала возрождения монастыря (1992 год) большинство трудившихся здесь работников и трудников из числа ранее некрещенных принимало и принимает Святое Крещение Христово.

На праздник Святого Богоявления на льду Большого Михайлова озера напротив храма-колокольни (близ развалин кирпичного братского корпуса) устраивается Иордань, украшаемая трудами братии ледяным Крестом и совершается сюда крестный ход из Благовещенского храма, после освящения воды в проруби (в виде креста) происходит купание.

Летом в 10-е воскресение после Пасхи по совершении Божественной литургии от Емецкого подворья совершается Крестный ход  до Святого озера (13 км), где произвносится для сотен собравшихся окрестных жителей и гостей проповедь и служится водосвятный молебен.

Начиная с осени 2001 года в холодное время года, когда меньше хозяйственных работ, с 18.00 до 20.00 определено как время для чтения святоотеческой литературы под контролем ответственного (в помещении монастырской библиотеки и в специально отведенном помещении).

Из-за увеличения в обители числа желающих исцелиться от наркотической зависимости и в целях более активного их духовного становления с ноября 2002 года в монастыре введен в пробном варианте разряд т. н. «кафтанных» послушников. Они пишут на имя отца-настоятеля прошение, получают небольшое начальное молитвенное правило, соответствующим положением очерчивается круг их обязанностей, в частности, им вменяется регулярная исповедь и откровение помыслов духовнику или помощнику духовника. Для ношения им выдается халат синего цвета. К ним приставлен один из иноков для повседневного окормления. Основное монашеское делание — молитва. Братия — монашествующие и послушники, — а иногда и трудники, имеют келейное молитвенное правило, которое определяет духовник в лице настоятеля или помощник духовника (вторствующий). Братия постоянно участвует в богослужениях, регулярно исповедуется и причащается Святых Христовых Таин. Определено для служащих исповедоваться перед каждой Литургией, для прочей братии — не менее 1 раза в неделю. Откровение помыслов для послушников, иноков и диаконов — ежедневное, для иереев — по потребности. Ведется учет посещения братией исповеди, откровения помыслов и причастия.