Позже прп. Пахомий основал Спасо-Преображенский монастырь на реке Кене, в четырех километрах от Кенозера, и стал первым игуменом обители.

 Прп. Пахомию принадлежит особая роль в становлении Сийского монастыря: он принял к себе трех будущих сийских святых — прпп. Антония, Александра и Иоакима. Постриг их в иночество и несколько лет был их духовным наставником, воспитав как истинных монахов-подвижников. Он же благословил их на пустынножительство и создание обители.

Прп. Пахомий почил около 1515 г., приняв перед смертью схиму. Прп. Пахомий прославился посмертными чудотворениями. Входит в Собор Всех святых, в земле Российской просиявших, а также в Соборы святых ряда епархий.

Память прп. Пахомия отмечается четыре раза в году: в первую субботу после Богоявления, на второй и третьей Неделях по Пятидесятнице — в Соборе Всех святых, в земле Российской просиявших, в Соборе Новгородских святых, а также в Соборе Карельских святых.

В Антониево-Сийской обители чтут память прп. Пахомия: он включен в Собор Сийских святых, написан его иконографический образ, сотрудниками монастырского церковно-археологического кабинета составлена современная редакция жизнеописания этого угодника Божия, собираются документы и материалы о нем.