С 1995 г. монастырь стал организатором Иоанновских образовательных чтений, учредители которых -  Архангельская и Холмогорская епархия, администрация Архангельской области, ПГУ им. М.В. Ломоносова. В ноябре 2004 г. прошли VI Иоанновские образовательные чтения.
 С  С 1998 г. монастырь окормлял  Емецкий детский дом (отв. иеромонах Варсонофий). В 1998-2000 гг. по благословению настоятеля для воспитанников детского дома проводились занятия по «Основам православной культуры», праздники Рождества и Пасхи, концерты. В летний период воспитанники детского дома, а также лучшие ученики школ Холмогорского района отдыхали в православных лагерях России при организационной и финансовой поддержке монастыря. Ежегодно с 2001 по 2010 г.  монастырь организовывал участие и финансировал поездки на Рождественские образовательные чтения в Москву педагогов, ведущих предмет «Основы православной культуры»  в образовательных учреждениях города и области.
С 1995 г. настоятель монастыря архимандрит Трифон был руководителем Центра дистанционного обучения Православного Свято-Тихоновского Гуманитарного Университета (г. Москва), с 2001 г. – руководителем Начальных православных богословских курсов. Летом 2002 г.и 2004 г. на базе монастыря прошли Краткосрочные Начальные богословские курсы. В июне 2003 г. архимандрит Трифон возглавлял курсы при ГОУ «АО ИППК РО» по «Основам православной культуры». Оказывалась консультативно-методическая помощь воскресным школам и преподавателям религиоведческих курсов государственных образовательных учреждений.
С 2002 г. настоятель монастыря архимандрит Трифон – сопредседатель Координационного Совета по взаимодействию Департамента образования администрации Архангельской области и отдела религиозного образования Архангельской и Холмогорской епархии, с 2004 г. – сопредседатель Совета руководителей  ЕОРОиК Русской Православной церкви.
На Архангельском подворье монастыря с 2002 г. работает Библиотека православной книги. Количество книжного фонда более 6 тыс. экземпляров.
В 2003 г. монастырь начал издавать газету «Педагогический семинар».
С 2007 года архимандрит Трифон возглавлял жюри областного конкурса детского творчества "Славянские буквицы", учредителями которого являются Архангельское общество ревнителей церковнославянского языка и епархиальный отдел образования.
С 2010 г. настоятелем Антониево-Сийского монастыря был назначен игумен Варлаам (Дульский). С этого момента монастырь в лице настоятеля по благословению правящего архиерея митрополита Архангельского и Холмогорского Даниила (Доровских) ведет активную работу в молодежном отделе епархии.